卵巢囊肿是否会影响生育取决于卵巢囊肿的类型和引起卵巢囊肿的疾病。卵巢囊肿是指卵巢上充满液体或者半固体物质的非癌性囊肿，分为功能性卵巢囊肿和非功能性卵巢囊肿两大类，功能性卵巢囊肿包括卵泡囊肿、黄体囊肿，非功能性卵巢囊肿包括皮样囊肿、巧克力囊肿、囊腺瘤等。功能性卵巢囊肿是生理性囊肿，由月经周期造成，如果直径不大、无明显临床症状，一般不需要处理，也不影响生育。功能性卵巢囊肿中的卵泡未破裂黄素化囊肿，因为卵泡未破裂，卵子不能排出，会影响生育。非功能性卵巢囊肿中的巧克力囊肿为子宫内膜异位引起，会引起盆腔粘连、影响卵巢功能，从而影响生育。此外，无论哪一类囊肿，如果各种因素导致破裂、扭转，会继发感染，引起粘连，从而影响输卵管及卵巢的功能，影响生育。

卵巢囊肿的严重性需要根据卵巢囊肿的大小以及性质来决定的。如果卵巢囊肿在两到三公分左右没有临床表现，而且囊肿透声很好血流没有改变可以暂时的进行观察进行密切随访即可，三到六个月复查超声同时也可以进行药物治疗。如果囊肿比较大大于五厘米以上或者是透声不好，血流有改变则建议要进行手术治疗，因为卵巢囊肿逐渐的增大有可能在活动时会造成卵巢囊肿蒂扭转，这时容易引起卵巢囊肿的破裂扭转造成患者出现急腹症、腹痛加重的情况，所以这时建议要选择手术治疗避免卵巢囊肿扭转坏死的发生。

卵巢囊肿的药物治疗要根据卵巢囊肿的性质和种类来决定。使用的药物包括有非甾体类抗炎药、口服避孕药、孕激素、孕激素受体拮抗剂、孕三烯酮、达那唑、促性腺激素释放激素类似激动剂等等。1、一般来说，对于卵巢的生理性囊肿是不需要进行药物治疗。在月经刚结束的时候进行超声复查，囊肿一般会自行消失。2、对于子宫内膜异位症导致巧克力囊肿，有很多种的药物都可以进行治疗。药物治疗目的是抑制卵巢功能，阻止内膜异位症的发展。主要适用于有慢性盆腔痛，经期痛经等等的症状，以及明显有生育要求的女性。3、对于较大的卵巢子宫内膜异位症的囊肿，特别是卵巢的包块性质未明者，是适合进行手术治疗。使用的药物包括有非甾体类抗炎药、口服避孕药、孕激素、孕激素受体拮抗剂、孕三烯酮、达那唑、促性腺激素释放激素类似激动剂等等。口服避孕药是最早用于治疗子宫内膜异位症的激素类药物，的目的是降低垂体的促性腺激素水平，并且直接作用于子宫内膜和异位内膜，导致子宫内膜萎缩和经量的减少。孕三烯酮，也就是假绝经疗法。目前常用的低剂量高效孕激素和炔雌醇的复合片，可以抑制子宫内膜的生长，缓解痛经和减少经量，可以连续应用或者是周期应用，连续应用的疗效是比较可靠的。这些药物都有一定副作用，停药后可能会出现囊肿的复发，要定期进行随访和观察。

生理性卵巢囊肿一般2~3个月可消失。生理性卵巢囊肿又称卵巢瘤样病变，主要包括滤泡囊肿和黄体囊肿，是生育期妇女最常见的卵巢瘤样病变，多为单侧。卵巢囊肿壁薄，直径一般小于等于8厘米，观察或口服避孕药物后，2~3个月常可自行消失。若肿块持续存在或增大，则卵巢肿瘤的可能性较大，此时需要进行治疗。一般可选择卵巢肿瘤剥除术，或一侧卵巢切除术，或持续观察三个月，囊肿无增大，可无并发症出现，一般无需处理。若出现并发症，如蒂扭转，破裂，感染或恶变等可能，需要进行手术治疗。手术可选择卵巢囊肿剥除术或一侧卵巢切除术，若囊肿继续增大产生压迫症状，常需进行囊肿剥除手术。

卵巢囊肿的患者可以进行保守治疗、物理干预、手术、超声引导穿刺、药物治疗。卵巢囊肿的治疗方法主要是看囊肿的性质，还要根据患者的具体情况和年龄。如果是生育期或者青春期的卵巢囊肿，应该进行保守性的治疗，就是保留正常的卵巢组织，只把囊肿进行剥除或者切除。如果是绝经后的女性，卵巢已经没有了功能，那么进行卵巢的切除，连同囊肿一块切掉，这种根治性的方法会更好，因为保留正常的卵巢组织有可能就会复发。卵巢囊肿主要还是通过物理的干预、手术或者是超声引导穿刺才能处理囊肿，单纯靠药物治疗是无效的。只有在把卵巢囊肿剥除了以后，明确了它的病理性质。比如卵巢的子宫内膜异味囊肿，这个时候为了延缓它的复发可以用药物治疗。否则如果是一个初诊的病人发现卵巢囊肿，希望通过药物治疗能够使它消失是不可能的。除非囊肿就是一个生理性的囊肿，根本不需要去进行治疗。