红斑狼疮具有遗传因素，比如系统性的红斑狼疮就具有这样的因素，0.4％～0.5％的SLE患者的一级或二级亲属患LE或其他自身免疫性疾病；单卵双生子通患SLE的比率可高达70％（24％～69％），而异卵双生子该比率为2％～9％；目前发现与SLE有关的基因位点有50余个，多为HLAⅡ、Ⅲ类基因，如HLAⅡ类D区的DR2、DR3、DQA1、DQB1和HLAⅢ类基因中C4AQ。