临床上，患者诊断为真菌性肠炎时可口服抗生素、芽孢杆菌胶囊治疗，发生真菌性肠炎时加强患者营养支持，提高患者机体抵抗力，是机体抵抗力低的真菌感染的高危因素。患者病情较重时，应用血浆、免疫球蛋白等增强患者机体免疫力的药物，增强患者抵抗力，提高疗效。并发肠管坏死、穿孔，甚至出现弥漫性腹膜炎。尽快选择开腹探查手术，修补破裂肠道，术后应采取静脉营养支持等对症治疗，真菌性肠炎患者应及时治疗。