肛周脓肿多数情况下，应当以手术治疗为主，药物治疗可作为一个辅助的治疗手段。
对一些比较早期的一些肛周脓肿，有时候药物治疗也可以取得比较好的治疗的效果。如应用一些中药的消肿、解毒的药物，如口服一些抗生素等西药，也有一定的效果。多数情况下，肛周脓肿的治疗还是以手术治疗为主。手术治疗的方法根据它脓肿的部位和脓肿的深浅还有脓肿复杂的程度，波及的范围，都有不同的治疗的方法。比较表浅的一些脓肿，可以做一次性的根治，切开后，同时处理里边的管道和它的内口。
这样一次就可以完全治愈，对一些比较复杂，比较深入的脓肿，有时候内口不清楚的情况下，也可以先做切开引流，引流后一些患者再也不犯，也可以达到治愈，这种患者可能大概有30%左右，还有多数情况下可能会后遗形成肛瘘，形成肛瘘以后，再做肛瘘的一些手术。治疗的过程中，要注意保护肛门括约肌的功能。不能因为治疗一个脓肿，把括约肌损伤损伤，否则后期可能造成大便的失禁的情况。
在治疗后，要确保引流通畅。有时候因为比较深的脓肿，容易引流不畅，或者还有一些波及到很多间隙的，可以做多口、对口的引流，口不怕多，只要引流通畅的话，很快就能够缓解，能够愈合。相反的话，为了减少切口，使得引流不通畅，这时候可能觉得损伤小，实际上最后的效果并不好，所以在临床上手术治疗要注意一些原则。