灰指甲又叫甲癣，是皮肤浅表真菌感染引起的指甲的改变。可以通过外用药物和口服用药治疗，外用药物的主要有两个目的。一个是清除指甲里面的真菌，让其长出新的好的指甲，另外一个清除皮肤的真菌，以免蔓延至指甲。目前常用的治疗灰指甲的药物有以下几种，30%的冰醋酸和阿莫罗芬搽剂，另外还有用水杨酸和尿素软膏封包的治疗方法。
30%的冰醋酸治疗灰指甲效果比较好，但是涂药的时候需要注意，不要涂到周围皮肤上面，由于本药酸性比较强，可能对周围的皮肤有一定的刺激性，导致皮肤红斑肿胀或者疼痛，炎症或者过敏反应，一般需要用药3~6个月。
也可以外用阿莫罗芬搽剂，先用锉刀把指甲锉薄，再外涂药物，这样药物更好吸收，效果较好。也可以用水杨酸或者尿素软膏，封包指甲，让有灰指甲的指甲脱落，长出新的好的指甲。除了治疗灰指甲以外，可以外用抗真菌的药膏，外涂周围的皮肤，以清除皮肤里面的真菌，以免真菌蔓延至指甲。