肛瘘发作最好的方法就是进行手术，如果不能进行手术，可采取保守治疗。对于有剧烈疼痛的患者，可以在肛管内注入抗生素或使用局部涂抹药膏，来消除炎症。可在创面涂抹消炎止痛药膏来缓解疼痛。建议进行肛门坐浴，因为通过坐浴可以促进血液循环，促进炎症的吸收，以缓解肛门括约肌的痉挛并且减轻疼痛，达到清洁肛门和消炎的作用、坐浴时一定要使肛门完全浸入到水中，这样效果才会更好，也可进行药物的熏洗来改善症状，等炎症缓解后可行手术治疗。

确诊肛瘘最常做的检查是肛门直肠检查，同时结合索罗门定律，即可作出诊断。对于肛瘘比较严重的患者在这些检查的基础上，可以通过腔内超声、窦道造影、磁共振、三维重建、螺旋CT等来确定诊断。主要还是要看内口、外口和瘘管道的情况，最重要是弄清瘘管与肛门括约肌的关系，因为内口和瘘管是最重要的，而在他们三者的形成和肛门括约肌的关系，从临床上就可以直接决定肛瘘的具体分型和治疗难度以及治疗后的效果。同时可以做肛镜，检查找出可疑的肛隐窝，以便医生确定及早进行手术。

肛瘘最有效直接的治疗方法为手术，有极少数的患者会自己治愈。如果是低位单纯性肛瘘，可以采用瘘管切开术或瘘管切除术。如果是高位单纯性肛瘘或高位复杂性肛瘘可采用挂线疗法，其方法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线进行机械性压迫，使挤压处的组织发生血运障碍而坏死，然后再缓慢地切开肛瘘，在慢慢切开瘘管的过程中，基底组织的创面肉芽已经逐渐愈合，可以防止发生术后肛门失禁。如果是在肛瘘的发作期间或者是在间歇期，可服用一些抗生素或外涂膏药来缓解症状，症状消失后再进行手术。

治疗肛瘘，首先需要清除感染灶；其次，肛瘘无法治愈，需要及早接受诊断治疗，避免肛瘘造成脓肿反复发作。肛瘘是临床常见的疾病，肛瘘的临床治疗方式和效果报道不一，但手术是根除肛瘘的唯一治疗方法。消除感染灶是治疗的第一步。如果存在感染肛瘘不能愈合；与其他部位伤口一样，营养不良状态下的肛瘘很难愈合；肛周的解剖结构复杂，瘘管开口及瘘道走行经常不很清楚，如果错误识别瘘道或遗留分支常会导致复发；最后选择合适的手术方法是确保治疗成功的关键。肛瘘是无法自愈的，治疗失败有可能会导致病情加重。另外肛瘘一经诊断需尽早治疗，如果不及时治疗，肛瘘常会反复脓肿发作、暂时性瘘道口闭合，长期的慢性感染会形成复杂肛瘘；病人可能会出现疼痛、出血、大便失禁、蜂窝组织炎，甚至全身性败血症。

肛瘘的早期症状主要为肛周皮肤出血、流脓。肛瘘的症状主要是肛门周围皮肤出血或流脓，其主要症状是肛管感染。机体抵抗力差时，肛管会有一些脓性分泌物出现，肛门口出现瘘道，会流出脓性分泌物，甚至血性分泌物。在检查时可发现患者肛门附近一直到瘘管，甚至肛门指诊时，可发现有条索状结节。患者得了肛瘘后，应及时住院治疗，以手术治疗最佳。得了肛周脓肿，最好不要去私立医院或小医院，外用或静滴消炎药治疗，要及时去大型医院去就诊。