主要的临床表现为瘙痒。1、因为肛瘘排出的分泌物刺激肛周皮肤，可引起潮湿瘙痒，使皮肤长期处于高压的状态，如果严重的话会出现肛门湿疹。2、肛门疼痛，多数患者为隐痛不适，只是感觉局部有发胀感，在走路的时候，可能会出现肿胀及疼痛感。如果是急性感染的患者疼痛比较剧烈。3、肛门分泌物较多。瘘口处会出现反复溢出少量脓性血液和粘液性的分泌物或气体，随着时间的推移，浓液会越积越多。内裤上会出现分泌物，从而污染内裤。4、肛门周围会触摸到明显的肿块，用手按压会出现疼痛感。

肛瘘作为坐骨直肠肛管周围间隙感染的慢性期，按照解剖学来说，包括内口外口与窦道，根据其内口的位置高低以及窦道的多少又分为低位肛瘘，高位肛瘘，单纯性肛瘘和复杂性肛瘘，除了低位单纯性肛瘘，可以一次性的行肛瘘切除，获得治愈。其他的包括高位肛瘘，高位复杂性肛瘘，以及复杂性肛瘘，通常需要写肛瘘挂线治疗，以免一次性的切断肛门括约肌，而引起大便失禁症状，对于肛瘘术后的饮食。在早期，通常术后2~3天时，临床主张进食流质或半流质，以减少大便的生成，避免术后早期过多的排便，而导致局部手术创面的疼痛。在后期，也就是术后3~5天以后可以过渡到普食，但此时需要避免进食过于油腻辛辣刺激性食物，多进食高纤维素的蔬菜水果，保持大便的松软通畅，以免干结粪便通过创面时，引起手术创面的划伤，疼痛甚至出血症状。

肛瘘在中医上又称为穿肠瘘，指的是肛门上部的直肠和肛门旁边的皮肤之间形成的异常管道，称之为肛瘘。管道是从肛门外面通到肠腔里边的，通常肛瘘有一条管道，称之为单纯性肛瘘。如果是超过1个以上，称为复杂性肛瘘。所以对复杂性肛瘘的定义是有2个或2个以上的内口或者外口，有2条以上的瘘管或枝管、盲管的肛瘘，复杂性肛瘘一般最常见的，在临床上有2个以上的外口，有多个枝管。所以在治疗过程当中比较复杂，在治疗上比较棘手。针对复杂性肛瘘的治疗采取手术时，要注意完全的找到所有的管道进行切除。

引起肛瘘的原因有肛门周围脓肿、直肠肛门损伤、肛裂、会阴部手术、结核、溃疡性大肠炎、克隆氏病。一、肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成主要原因。二、直肠肛门损伤：外伤、来自消化道骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。三、肛裂：肛裂反复感染，引起皮下瘘，引起肛腺炎。四、会阴部手术：内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。五、结核：吞咽细菌或少数血行感染，均可引起结核性肛瘘。六、溃疡性大肠炎：引起肛瘘。七、克隆氏病：伴有肛瘘。还有其他疾病等引起肛瘘。

肛瘘是在患者直肠内和肛门外形成的病理性的瘘道，肛瘘是在肛门内有一个内口，在肛门外有个外口，在它之间有一个瘘道。肛瘘通常是由于病人肛线感染得不到及时的治疗，且肛线感染得不到及时的治疗，感染蔓延到肛门外形成的感染性的瘘道，通常表现为肿痛、破溃、流脓的情况反复的发作，它可以在肛周形成多个瘘口，这就是复杂的肛瘘，一般的情况下，肛瘘一旦发生是只能通过手术去治愈的。