同时应用异烟肼和苯妥英钠会引起过度镇静或运动失调，癫痫及精神病患者慎用。快代谢型患者对异烟肼敏感，肝功不良者慎用。
异烟肼可损伤肝细胞，使转氨酶升高，少数患者可出现黄疽，严重时亦可出现肝小叶坏死，甚至死亡。异烟肼导致肝损伤的机制目前尚不清楚，异烟肼在肝脏的乙酰化代谢过程有关，故应定期检查肝功能。
用异烟肼可发生各种皮疹、发烧、胃肠道反应、粒细胞减少、血小板减少和溶血性贫血，用药期间亦可能产生脉管炎及关节炎综合征。异烟肼不良反应的产生与用药剂量及疗程有关，用药期间应密切注意及时调整剂量，以避免严重不良反应的发生。异烟肼为肝药酶抑制剂，可使双香豆素类抗凝血药、苯妥英钠的代谢减慢，血药浓度升高，合用时应调整剂量。饮酒和与利福平合用均可增加对肝的毒性作用。与肾上腺皮质激素合用，血药浓度降低。与肼屈嗪合用则毒性增加。
患者服用异烟肼可出现周围神经炎，表现为手脚麻木，肌肉震颤和步态不稳等。大剂量可出现头痛、头晕、兴奋和视神经炎，严重时可导致中毒性脑病和精神病。由于异烟肼的结构与维生素B6相似，使维生素B6排泄增加而致体内缺乏所致。维生素B6缺乏会使γ-氨基丁酸减少引起中枢过度兴奋，因此使用异烟肼时应注意及时补充维生素B6。