手足口病疫苗的副作用最常见的可能会出现一些发热的反应，因为小宝宝在接种手足口疫苗以后，有可能会出现一个一过性的体温增高，相对来说不会超过38度5，体温可能持续一到两天，多数的孩子在两天以后这种温度会自行缓解，这个时候不需要特殊的药物进行控制和治疗，一般给孩子稍微多喝一些水，适当的给孩子用温水擦拭身体，注意休息，饮食清淡一些可能就会缓解。
第二个手足口疫苗出现的反应可能就是一些肠道的反应，有些孩子可能会出现一些腹泻、恶心或者厌食等情况，这个时候也不要过于惊慌，适当的给孩子饮食进行调整，适当吃一些清淡、容易消化的食物，给孩子尽量少量多次的给喂养，一般来说，这种孩子的腹泻也会在一到两天左右就会自行缓解的。
另外有些小宝宝在使用手足口疫苗以后可能会出现过敏反应，相对来说不是很常见，有些孩子可能会出现一些身上起皮疹，及时的用一些抗过敏的药物进行缓解，当然也有一些罕见的可能会出现，过敏性的血管充血、水肿或者出现过敏性休克的情况，这种情况相对来说非常罕见，在医院注射完这种疫苗之后有一个半个小时的观察期，如果出现的话，就需要及时进行抢救治疗。
一般来说手足口疫苗相对副反应并不是很严重，多数的孩子接种之后是能够耐受的，只要按照接种疫苗的方法针对性的进行治疗，一般来说都不会出现严重的副反应，还有就是要注意，如果是这种静脉给孩子肌肉注射进行的这种接种，要注意局部针眼的保护，24小时之内不要给孩子洗澡，这样能缓解局部红肿的发生。